Un vol à main armée se solde par la mort d’une policière, et Frank se fait un devoir de tout mettre en œuvre pour que la police de New York traîne le suspect en justice. Mais Erin abandonne les chefs d’accusation par manque de preuves, et la famille Reagan est sous haute tension dans ce premier épisode de la quatrième saison.

Russell Berke, célèbre vedette de cinéma, accompagne Danny pour la préparation de son prochain rôle. Quand l’acteur se fait poignarder, Danny lui porte secours, mais ce dernier ne peut éventer le crime en raison de la célébrité de Russell.

En pleine cour, un informateur clé dans une grosse affaire de drogue menace Erin de son arme. Danny joue alors les négociateurs. En parallèle, Jamie est suspendu pour avoir désobéi aux ordres de son lieutenant, et Frank doit décider quelle punition est la plus appropriée.

Danny et Baez enquêtent sur la mort d’une adolescente ayant visiblement été poussée sous une voiture de métro par un sans-abri. De son côté, Frank est contrarié, car il doit rencontrer la nouvelle inspectrice générale qui supervisera la politique du service de police de New York.

Danny et Baez croient qu’une petite fille a été enlevée. Sa mère le nie catégoriquement, mais son histoire ne tient pas debout. Parallèlement à cela, Frank rend visite à un prêtre, également conseiller pour le service de police, qui a été arrêté pour conduite avec facultés affaiblies.

Au moment où le membre d’un gang meurt après que Jamie l’eut éloigné du garçon dont il est le mentor, la conduite de Jamie suscite des questions. De son côté, Baez part en mission d’infiltration pour en savoir plus sur le fiancé d’une ancienne petite amie de Danny, qui fait le trafic de médicaments à son centre sportif.

Un policier est accusé d’usage excessif de la force sur un suspect, et Frank tout comme son service se retrouvent sous la loupe de la communauté et du maire. En parallèle, Danny et Baez enquêtent sur le meurtre d’un courtier de Wall Street criblé de dettes en raison de sa dépendance au jeu.

Angelo Gallo, un avocat de la mafia, échappe de justesse à la mort juste après avoir dîné avec Frank. De son côté, Danny devient membre d’un jury dans un procès pour meurtre et s’avère la seule voix dissidente.

Danny et Baez enquêtent sur un homicide où le principal suspect n’est nul autre que le frère de Baez, un ancien toxicomane, qu’elle n’a pas vu depuis longtemps. De son côté, Frank apprend qu’un de ses policiers les plus décorés, affecté à l’unité K9, est accusé de brutalité policière. Quant à Henry, il soupçonne la veuve d’un ancien collègue d’avoir joué un rôle dans la mort de son mari.

Danny et Baez enquêtent sur un attentat à la bombe, mais ils se heurtent à beaucoup de résistance et de tensions au sein de la communauté locale. Parallèlement à cela, un homme a frappé un policier qui l’interrogeait de manière exagérément agressive. Frank doit alors composer avec les conséquences politiques.

La loyauté de Danny est mise à rude épreuve lorsqu’il est chargé d’une affaire où il est question des liens entre Mickey, un ami d’enfance, et une famille de la mafia. Aussi, Frank entend dire que la criminalité augmente à cause d’un verdict concernant la politique permettant à un policier de fouiller toute personne qu’il soupçonne de porter une arme.

Quand Danny apprend de Nicky qu’un nouveau type d’héroïne mortelle circule dans la rue, il entame une chasse à l’homme pour trouver qui la distribue. De son côté, Frank met tout en œuvre pour l’aider à retirer la substance de la ville.

Danny et Baez sont sur la piste d’un ancien militaire dont Danny pense qu’il souffre d’un trouble de stress post-traumatique. De son côté, Frank se fait interpeller pendant une conférence de presse par une mère qui réclame justice pour sa fille assassinée.

Danny et Baez enquêtent sur le meurtre de Tiffany Lamp, célèbre drag queen d’une émission de téléréalité, retrouvée morte dans un parc. Parallèlement à cela, Erin se fait enlever par la mère d’un accusé en attente de son procès pour une affaire de drogue. Elle décide alors de réexaminer le dossier.

L’enlèvement d’une jeune fille après l’école plonge Danny dans de douloureux souvenirs : il a enquêté sur une affaire similaire il y a bien longtemps, sans parvenir à la résoudre. De son côté, Frank refuse de divulguer de l’information sur le programme qui lui permet de superviser les agents du renseignement à l’étranger, ce qui lui vaut de croiser le fer avec l’inspectrice générale Kelly Peterson.

Danny se lance dans une course contre la montre pour retrouver une femme qui menace de se donner la mort et d’emmener avec elle l’homme qui a tué ses parents dans un accident de la route alors qu’il avait les facultés affaiblies. De son côté, Frank accompagne son petit-fils Sean à une sortie scolaire et s’évertue à convaincre la responsable du groupe de lâcher du lest pour laisser les enfants s’amuser.

Une femme enceinte est mise K.-O. par des adolescents qui s’amusent à frapper à la tête de gens choisis au hasard. Danny et Baez mènent l’enquête. De son côté, Frank s’oppose à la promotion d’un policier, car il pense que cela pourrait être vu comme du favoritisme.

Le corps d’une femme a été abandonné. La cause du décès? Une dose mortelle de lidocaïne reçue après une opération de chirurgie plastique tenue secrète. Danny et Baez sont sur l’affaire. En parallèle, Frank confie en privé une affaire classée à Jamie, tandis qu’Erin s’essaie à une séance de rencontres express.

Un enseignant respecté mais impliqué dans un programme de bourses discutable est retrouvé mort. Danny et Baez mènent l’enquête. Parallèlement à cela, Danny découvre que son père lui a caché que le bureau du procureur enquête sur lui pour violation des règles d’éthique et des procédures.

Erin doit enquêter sur une affaire impliquant un policier en service qui est accusé de la mort d’un suspect en détention. Frank lui demande de s’en tenir aux faits afin d’éviter toute mauvaise publicité au service de police de New York. De son côté, Jamie conseille à Eddie de pardonner à son père ses erreurs passées.

Quand un policier de l’unité de Danny est tué pendant une mission d’infiltration, Frank utilise les médias pour trouver l’assassin. Il découvre alors que le policier cachait un important secret. Parallèlement à cela, Jamie et Eddie aident Nicky à trouver un ancien camarade de classe qui vit dans la rue.

Danny est écarté d’une enquête qui dépassait le cadre de ses fonctions. Il comprend qu’il a mis le doigt sur quelque chose que quelqu’un cherche à cacher. Il lance son père sur cette piste, et Frank s’alarme des proportions de l’affaire ainsi que de ses implications à l’interne.