L’unité des renseignements traque l’un des fugitifs les plus recherchés de Chicago : le chef d’un gang. Halstead est désigné pour infiltrer le groupe. Pendant ce temps, Lindsay reste égale à elle-même en continuant à faire de mauvais choix. Cela ne l’empêche toutefois pas d’être appelée par Olinsky, qui la prévient que Halstead a été enlevé. Olinsky se confie à Platt à propos de sa fille cachée. De son côté, Roman fait part à Burgess de ses doutes quant au réel désir d’engagement de Ruzek.

Burgess et Roman découvrent le corps d’un enfant de 8 ans, assassiné dans une maison abandonnée. L’équipe des renseignements se lance à la recherche de la personne qui l’a tué. Antonio et Lindsay interrogent un suspect. Pendant ce temps, Voight demande à Halstead de garder un œil sur Lindsay, encore en convalescence, et qui récupère doucement. De son côté, Burgess questionne Roman à propos de l’aiguille qu’elle a trouvée dans sa veste, tandis qu’Olinsky tente de se rapprocher de sa fille, dont il vient juste de connaître l’existence...

Tandis que Platt essaie de gérer une ambiance chaotique au bureau, un homme luttant pour attirer son attention prend une mesure radicale et exige que l’unité trouve sa fille disparue. En même temps, le commandant Fischer informe Voight que Bunny apporte de nouvelles accusations sur un cas venu du passé. Lindsay recommande vivement à sa mère d’arranger la situation.

Après avoir survécu à une attaque contre lui, Voight est persuadé que le coupable est un ancien criminel. Olinsky et lui sont déterminés à l’attraper avant qu’il ne blesse quelqu’un d’autre. Au District, Atwater divulgue accidentellement de l’information sur le passé sentimental de Ruzek à Burgess et cela va la déstabiliser.

L’avenir de Ruzek au sein de l’unité des renseignements est en danger quand une mission officieuse d’infiltration se passe mal. Après ce travail bâclé, Ruzek est observé par la nouvelle commandante Crowley, qui déterminera son avenir dans l’unité.

Lorsque le corps d’un homme est découvert dans sa voiture, l’équipe d’enquête relève des indices laissant supposer qu’il est mort depuis une semaine. La petite amie de la victime indique qu’elle l’a placé dans son véhicule et laissé dans la rue selon sa volonté. Il voulait que la CIA, l’agence fédérale du renseignement, le trouve. Vu l’équipement de protection que l’homme portait, Voight et sa brigade en déduisent qu’il travaillait vraisemblablement pour la CIA. En se rendant chez lui, la police trouve des millions de dollars en argent liquide et des centaines d’armes à feu, dont certaines ont servi à tuer des personnes ayant commis des crimes.

L’équipe des renseignements est à la recherche d’un adolescent qui pourrait être une menace pour ses camarades du lycée réputé qu’il fréquente, compte tenu des dessins inquiétants découverts dans son cahier. Pendant ce temps, Atwater tente de faire bonne impression sur un capitaine de police qui organise des parties de poker réservées aux personnes influentes de la communauté afro-américaine, ce qu’il est lui-même.

Antonio et Jay partent à la rencontre d’un informateur, Dominic, qui ne veut pas être rémunéré et souhaite par-dessus tout rester dans l’anonymat le plus complet. Il travaille pour l’agence de la sécurité nationale (NSA) et a entendu certaines conversations téléphoniques au sujet d’un important trafic de stupéfiants. Dominic leur communique le numéro de téléphone du suspect ainsi que celui de la plaque d’immatriculation du véhicule qui sera utilisé lors d’un échange.

La tête puis le corps d’une femme sont retrouvés dans le lac Michigan. L’équipe découvre que celle-ci travaillait dans le club d’une organisation mafieuse bien connue de Voight, puisqu’il entretient des liens d’amitié avec son chef. Lindsay craint que cette relation entrave la capacité de Voight à rester objectif. Roman vit une période difficile à la suite des récents événements, et une erreur de jugement lui fait commettre une grave erreur.

Un médecin, que Voight a bien connu par le passé, est mis en examen à la suite de l’empoisonnement par chimiothérapie de quatre de ses patients. Le praticien refuse l’accès à ses fichiers à l’équipe, mais Lindsay et Halstead parviennent à obtenir rapidement un mandat. Les deux découvrent que les patients ont subi des expositions aux rayons qui n’étaient pas nécessaires. Pendant ce temps, Burgess et Platt tentent de blanchir la réputation de Roman.

Après qu’un luxueux appartement a été cambriolé, l’équipe est choquée d’apprendre que non seulement la famille dormait lorsque le crime a été commis, mais que leur fille adolescente a été violée lors de l’invasion. Voight consulte Jimmy de la caserne 51 pour confirmer ses soupçons sur l’utilisation d’un gaz puissant.

Voight engage son ex-codétenu, Eddie Little, pour infiltrer le milieu et arrêter un important revendeur de cocaïne. Entre-temps, Burgess se demande si Adam a réellement l’intention de l’épouser lorsqu’elle se rend compte qu’il fait passer le travail avant tout... De son côté, Platt est très préoccupée par l’organisation de son mariage.

Lindsay va en mission d’infiltration pour traquer un policier voyou ciblant des femmes à la sortie d’un casino. Quand le détective Martin Watts, qui s’occupe de cette affaire, a vent de la mission, il s’implique beaucoup... malgré la réticence de Voight. Après les événements récents, Burgess demande son transfert dans un autre district.

Gregory Yates s’est échappé de sa prison de New York pour retourner à Chicago. Voight le soupçonne de vouloir s’en prendre à Erin, envers laquelle il a développé une obsession pathologique. Son équipe est appelée sur la scène d’un quadruple homicide. Quatre infirmières ont été attaquées dans leur appartement. Les soupçons se dirigent vers Yates, bien que certains éléments ne correspondent pas à son profil : des bijoux ont disparu et la main d’une victime a été coupée. La propriétaire de l’appartement du dessus, Nelly Carr, est absente.

En effectuant des contrôles routiers, Burgess trouve un sac plein d’héroïne dans la voiture d’un professeur d’université respecté. Celui-ci prétend ne pas savoir comment le sac est arrivé là. Voight décide de mettre la pression sur ce suspect improbable, et Olinsky et Antonio cherchent à trouver qui est derrière ce trafic de drogue.

La ville de Chicago est ébranlée lorsqu’un Afro-Américain de 6 ans est assassiné. Au départ, l’équipe se concentre sur le père de l’enfant qui a appartenu à un gang. Mais celui-ci prétend n’avoir rien à voir dans ce meurtre et ne voit pas qui pourrait s’en être pris au garçon de cette façon. Après un nouveau tir sur le périmètre du gang, Mouse, Lindsay et Halstead cherchent des preuves qui pourraient établir une corrélation entre les deux fusillades.