Novembre 1916. Au moment où les soldats britanniques sont dans les tranchées, le domaine se mobilise en organisant un gala de charité au profit de l'hôpital local. En permission, Mathieu présente aux Crawley sa fiancée. Lady Sybil décide de devenir infirmière. Après avoir hérité de sa mère, Bates espère convaincre Véra de divorcer et pouvoir ainsi épouser Anna.

Véra, la femme de Bates, le fait chanter et l'oblige à quitter Downton, sinon elle rendra publique une histoire qui fera sombrer la famille Grantham dans le scandale. Lady Sybil quitte elle aussi le domaine, pour commencer sa formation d'infirmière. Branson, qui l'emmène à York, en profite pour lui déclarer son amour. Thomas cherche un moyen de quitter les tranchées et revient à Downton.

Lady Rosamund et Sir Richard Carlisle sont invités à Downton Abbey par Lady Marie. Ce dernier semble connaître Lavinia et la menace. Il demande en mariage Lady Marie, qui est toujours amoureuse de Mathieu. William apprend qu'il partira pour la guerre, laissant Carson sans valet de pied. Lady Édith a l'occasion de se servir de ses connaissances de chauffeur.

L'hôpital local n'étant pas assez grand pour accueillir les soldats blessés et les convalescents, Downton Abbey est transformé en maison de convalescence pour les officiers. Anna croit apercevoir Bates au village alors qu'il était censé avoir quitté la région. William demande Daisy en mariage.

1918. Esther entame un flirt avec l'un des officiers blessés séjournant à Downton, le major Bryant, sous l'oeil méfiant de Madame Hughes. Celle-ci les surprend et renvoie Esther sur le champ. Le comte apprend que Mathieu et William, servant dans la même compagnie, sont portés disparus. Le comte découvre que Bates est revenu dans la région et lui propose de revenir travailler à Downton, ce qu'il accepte. Esther, enceinte, vient demander l'aide de Madame Hughes.

Mathieu et William ont été blessés durant un assaut. Gravement touché aux poumons, William demande une dernière fois à Daisy de l'épouser. Mathieu, quant à lui, touché à la moelle épinière est déclaré impuissant et paralysé à vie. Mise au courant du chantage de Véra, Lady Marie se tourne vers Sir Richard Carlisle pour de l’aide.

Un officier canadien atrocement défiguré affirme à Lady Édith être le cousin Patrick. Esther apprend que le major Bryant a été tué au front. Véra dit au juge que Bates l'a payée pour divorcer, ce qui annule la procédure en cours. 1919. Mathieu retrouve miraculeusement l'usage de ses jambes, au grand bonheur de tous. Sir Richard Carlisle demande à Anna d'espionner Lady Marie pour lui.

1919. Mathieu retrouve miraculeusement l'usage de ses jambes, au grand bonheur de tous. Il annonce alors à nouveau son mariage avec Lavinia qui s'est beaucoup dévouée pendant les mois de souffrance. Sir Richard Carlisle demande à Anna d'espionner Lady Marie pour lui. Mais elle refuse et l'apprend à Carson. Bates comprend que son épouse Véra s'est empoisonnée afin de l'incriminer. Thomas se fait escroquer dans sa tentative de marché noir, il doit retourner à Downton comme valet de pied. Esther cherche à présenter Charlie à ses grands-parents, les Bryant.

Lady Sybil annonce à ses parents qu'elle souhaite épouser Branson et partir à Dublin où il veut entamer une carrière de journaliste politique. Carson puis Lady Cora et Lavinia sont brutalement frappés par la grippe espagnole alors que le mariage de Mathieu et Lavinia se prépare. Anna et Bates se marient, bien que ce dernier sache qu'il risque d'être tenu pour responsable de la mort de Véra.

Nous sommes en décembre 1919 et janvier 1920. Le château est très animé avec tous les préparatifs de Noël et le bal des serviteurs. Bates est reconnu coupable de l'assassinat de son ex-épouse Véra, malgré le témoignage du comte de Grantham. La relation entre Mathieu et Lady Marie prend une autre tournure lorsque certains secrets sont dévoilés.