McGarrett et Danny recrutent Tani Rey dans la brigade lorsque le machiavélique pirate informatique Aaron Wright libère un dangereux pyromane emprisonné.

McGarrett et la brigade font appel à un chien policier blessé qui est le seul témoin d’une embuscade lors d’une saisie de drogues. Junior Reigns, ancien membre des forces spéciales de la marine, rend visite à McGarrett et souhaite se joindre à la brigade.

Quand l’assassinat du chef d’une grande famille du crime organisé déclenche une série de règlements de compte sur l’île, la brigade sollicite l’aide d'un vieil ami. Parallèlement, McGarrett et Danny commencent à régler les détails de leur nouveau projet de restaurant.

La vie des informateurs de la brigade est en danger lorsque l’un d’entre eux est retrouvé mort après le piratage du système informatique de la police d’Hawaï. McGarrett est donc forcé de faire appel au pirate informatique Aaron Wright, qu’il vient de faire emprisonner.

À l’Halloween, l’équipe doit enquêter sur une série de meurtres inspirés de légendes hawaïennes bien connues. Grover rend visite à un homme dont l’exécution est prévue dans quelques heures et qui pourrait détenir la clé d’une enquête qui le hante depuis des années.

Le meurtre de deux touristes conduit l’équipe vers un homme souffrant d’un trouble de dissociation de l’identité, dont l’une des personnalités a des accès de violence et une autre correspond à un enfant. McGarrett est accompagné par une conseillère en gestion du stress, que Danny et les autres ont embauchée pour l’aider à mieux s’occuper de sa santé.

Junior et Adam appuient McGarrett lorsqu’un braquage de banque force ce dernier à commettre une erreur potentiellement dévastatrice. De plus, Adam doit composer avec l’absence de Kono.

McGarrett se fait passer pour un pilote afin d’enquêter sur la cause d’un écrasement ayant entraîné le décès d’un pilote durant une course aérienne.

En enquêtant sur un yacht déserté à la dérive, McGarrett, Danny, Tani et Junior sont exposés à une arme biologique mortelle; le reste de la brigade n’a que huit heures pour trouver un antidote.

Danny se fait tirer dessus pendant qu’il est en quarantaine à l’hôpital avec McGarrett, Tani et Junior. Inconscient et entre la vie et la mort, il imagine l’avenir de tous les membres de la brigade.

Le soir du réveillon de Noël, pour aider Charlie à s’endormir, Danny lui raconte une histoire tirée d’une récente enquête de sa brigade à propos de criminels déguisés en père Noël et d’un miracle des Fêtes.

Lorsqu’un agent du FBI combattant le crime organisé est tué, McGarrett fait le tour des criminels de l’île liés à des gangs pour tenter de trouver le coupable.

Lorsqu’un homme accusé d’avoir tué sa femme menace de se suicider, Grover révèle qu’il a lui aussi déjà envisagé de s’enlever la vie.

Quand le cadavre d’un passeur de diamants est dérobé dans un cimetière, la brigade tente de trouver son associé, Voss, déterminé à prendre tous les moyens pour récupérer le dernier lot de diamants de contrebande.

McGarrett et Danny enquêtent sur le meurtre d’un détective privé. Adam place Jessie dans une situation dangereuse, et les conséquences sont catastrophiques.

Tani et Junior se font passer pour de futurs parents pour infiltrer une école privée dont le directeur a été assassiné.