Version contemporaine de la série classique Hawaii police d'État, qui suit un groupe de forces d'élite dont la mission est d'éliminer le crime qui s'abat sur les plages ensoleillées des îles.

Steve McGarrett, un officier de marine, revient à Honolulu après l'assassinat de son père. Le gouverneur de l'île confie à McGarrett la direction d'une unité d'élite de la police dont la mission serait de faire le ménage dans la pègre de l'archipel.

Lorsqu'un ancien expert en cyberterrorisme de la NSA est kidnappé en plein centre-ville de Waikiki, McGarrett et son équipe doivent le retrouver afin d'assurer la sécurité nationale.

Lorsqu'une guerre de gangs éclate lors d'un match de football, tuant un chef de bande et faisant plusieurs blessés, McGarrett et son équipe découvrent un partenariat entre des gangs samoans et une bande criminelle de l'île.

L'unité 5-0 doit retrouver un criminel violent qui s'est échappé de prison, à la recherche de l'argent qu'il a volé. Dans sa fuite, il enlève un jeune couple en vacances à Waikiki. Entre-temps, Mary Ann, la soeur de Steve McGarrett, arrive du continent.

Lorsque la fille d'un ambassadeur américain en poste aux Philippines est retrouvée assassinée sur la côte de Waikiki, l'équipe du 5-0 doit retrouver sa soeur, qui a aussi été enlevée.

Kono doit renouer avec son passé de professionnelle du surf lorsque son mentor, PDG d'une importante entreprise de surf, est assassiné sous ses yeux.

Graham Wilson, un membre des Navy SEAL, fuit les autorités policières lorsque sa femme est retrouvée morte. Il se réfugie à bord d'un navire transformé en musée et prend en otage des touristes.

Lors d'un événement traditionnel, des touristes découvrent le corps carbonisé d'un policier, son badge coincé entre ses dents. Il s'agit de Meka, l'ex-partenaire et ami de Danny.

Un agent est tué après avoir découvert un complot d'assassinat contre le général asiatique qu'il devait protéger et dont la venue est vivement contestée sur le territoire américain. Alors qu'ils enquêtent sur l'assassinat, McGarrett et son équipe se retrouvent à assurer la protection de l'ancien dictateur

McGarrett et le reste de l'équipe s'intéressent à un vol de fourgon blindé, pendant lequel les criminels ont tué deux convoyeurs, sans emporter le butin. Les suspects sont des sportifs qui habitent à proximité de l'ex-femme de Danny.

Une jeune femme, en lune de miel à Honolulu, est retrouvée dans une forêt, souffrant d'amnésie post-traumatique. Son mari est découvert peu après, asphyxié dans une chambre d'hôtel. Le Dr. Bergman fait le rapprochement avec une série d'homicides un an plus tôt et l'équipe découvre que trois couples ont été tués au cours des derniers jours dans les environs : l'unité 5-0 a affaire à un serial killer de jeunes mariés...

En enquêtant sur le meurtre d'un trafiquant d'armes, Steve découvre que Victor Hesse, l'homme qui a tué son père, est toujours vivant. Alors qu'il est à sa poursuite, l'agent Chin est pris au piège par Hesse, qui menace de faire exploser une bombe posée sur l'agent s'il n'obtient pas 20 millions de dollars en échange...

McGarrett se fait subtiliser la boîte à outils de son père, contenant tous les éléments de son enquête sur le meurtre de sa femme. Steve parvient ensuite à délivrer sa sœur d'un kidnapping, alors qu'elle enquêtait de son côté sur sa mère. L'unité remonte jusqu'à un puissant homme d'affaires japonais, une connaissance du gouverneur Jameson.

A la suite d'une course-poursuite avec un clandestin chinois, la tête d'un homme est découverte dans un véhicule volé. La femme de la victime, dont le père est un riche homme d'affaires, a été kidnappée en échange de 5 millions de dollars.

McGarrett et Chin sont chargés de retrouver Julie Masters, le dernier témoin vivant d'un meurtre. L'accusé, l'un des plus hauts dirigeants du cartel de la drogue de Baja, aurait envoyé trois tireurs afin de l'éliminer pour l'empêcher de témoigner. Grace et Rachel, la fille et l'ex femme de Danny, sont victimes d'un car-jacking. On retrouve cependant la voiture une heure après, intacte. Danny est certain que le nouveau mari de Rachel est impliqué dans cette histoire.