Trois femmes braquent un autobus de touristes et dérobent, sans le savoir, quelque chose qui va leur attirer de sérieux ennuis. De son côté, Danny doit trouver les millions que son frère a cachés pour pouvoir les échanger contre la vie de ce dernier.

L’équipe enquête sur l’enlèvement de la fillette d’un membre de la force spéciale de la marine de guerre américaine, actuellement en mission secrète. Parallèlement, la vie du frère de Danny ne tient qu’à un fil, ou plutôt aux 18,5 millions que Danny doit à ses ravisseurs.

L’île d’Oahu est mise en quarantaine pour permettre à l’équipe de pourchasser un terroriste qui attaque des civils avec des drones armés. De leur côté, McGarrett et Danno sont obligés d’aller consulter un psychologue, et la séance prend des allures de thérapie de couple.

Un tueur à gages de Détroit est abattu par un de ses collègues dans les rues d’Oahu, et l’équipe découvre avec stupeur les motivations de l’assassin. Parallèlement, Chin met sa carrière en jeu afin d’aider Danny à trouver l’argent nécessaire pour sauver son frère.

Le jour du quatrième anniversaire de la mort de son père, McGarrett rencontre une femme qui va l’aider à rouvrir la dernière affaire non résolue.

C’est l’Halloween, et l’équipe doit traquer un tueur en série qui reproduit les meurtres d’un film d’horreur culte. Parallèlement, McGarrett doit venir en aide à Jerry, qui a été enlevé par les fabricants de faux billets qu’il poursuivait.

McGarrett est enlevé par Wo Fat et il fait l’expérience de ce qui serait arrivé à l’équipe si elle avait emprunté un tout autre chemin.

Tandis que l’équipe enquête sur l’assassinat d’un couple dont les fils sont les principaux suspects, McGarrett est sous le choc quand sa tante Deb débarque sur l’île avec son nouveau fiancé.

C’est Noël à Hawaï. L’équipe se rend sur la Grosse île, où Max est obligé de travailler avec un confrère après l’empoisonnement d’un cowboy. De son côté, McGarrett met la pression sur Danny pour qu’il vole un arbre de Noël.

L’équipe doit collaborer avec un détective de la vieille école pour résoudre le meurtre d’une jeune femme qui vendait secrètement ses charmes.

Un touriste est assassiné après avoir transporté, à son insu, un tableau de Van Gogh volé. Kono et Chin infiltrent le monde du marché noir des œuvres d’art, et ils sont pris en otages. De son côté, McGarrett demande à Masaharu Morimoto, chef à l’émission Iron Chef, d’entraîner Kamekona pour qu’il batte le chef Sam Choy à un concours de recettes à base de crevettes.

Une neurochirurgienne est assassinée juste avant d’effectuer une opération. L’équipe découvre alors la terrible vérité derrière la disparition, il y a 40 ans, de quatre garçons qui vivaient dans un centre d’éducation surveillée. Parallèlement, la Mercury Marquis de McGarrett est volée par un coupable improbable.

Un homme infecté par une souche mortelle et contagieuse de la grippe aviaire se fait enlever. L’équipe doit le retrouver de toute urgence, car ses ravisseurs ont l’intention de créer une arme biologique.

L’équipe est à la poursuite d’un criminel notoire et mystérieux. Kono doit protéger leur unique témoin, et quand elle réalise la véritable identité de celui-ci, c’est sa propre vie qu’elle doit protéger. Parallèlement, elle avoue à Adam ses craintes concernant leur avenir en raison de ses liens avec son ancienne entreprise familiale corrompue.

L’assassinat d’un journaliste amène l’équipe à utiliser son dernier reportage pour traquer un seigneur de guerre congolais présumé mort, mais qui est bel et bien vivant à Oahu. Parallèlement, à l’approche de la Saint-Valentin, Danny sort de ses gonds quand les textos que Grace envoie à un garçon arrivent accidentellement sur son cellulaire.

L’équipe fait appel à une agente de Californie pour trouver un pyromane en série qui cible des couples à Oahu. Parallèlement, Danny fait une escapade romantique avec Amber, mais l'ex-mari violent de celle-ci les suit, fermement décidé à récupérer sa femme.