L’effet secondaire, c’est Anouk, Marco, Fanny, Alex, Safa, Emma, Ahmed et plusieurs autres qui traversent le secondaire avec la tête remplie de projets, de doutes et d’intenses émotions! C’est aussi l’effet des amitiés qui se transforment, des rivalités inattendues, des amours qui naissent, des adultes qui prennent trop de place et des épreuves qui fragilisent. Dans les corridors de l’école comme dans les cours, ça se serre les coudes et ça se confronte, ça s’amuse et ça s’intimide… Bref, c’est le quotidien, avec ses hauts et ses bas, tourné de façon rythmée – à la manière d’un docu-réalité – pour capter des tranches de vie hyper spontanées.

Marco a des problèmes en mathématiques, et sa mère menace de l'empêcher de jouer au hockey. Et à cause de son ami Jonathan, la situation va dégénérer.

Safa n’est pas à l’aise de parler de sa famille, mais elle va finir par révéler la vérité et être plus en paix avec elle-même.

Maude se fait intimider par des élèves. Ils ne savent pas qu'elle porte un grand secret, et quand ils le découvrent, ils en sont bouleversés.

Louka est nouveau à l'école. Fanny a immédiatement une attirance pour lui, et cela semble réciproque... Mais la réalité n'est pas aussi simple.

Jacinthe vient parler devant la classe des dangers de se faire prendre par des personnes manipulatrices. Audrey pense qu’il faut être naïve pour se faire prendre. Ahmed et Anouk décident de lui donner une leçon.

M. Azem réagit durement en classe avec les filles. Emma trouve que Katya et Iris vont trop loin dans leur plan de vengeance contre lui, ce qui met leur amitié à rude épreuve.

Jonathan a une nouvelle blonde. Le seul problème, c'est qu'il n'a pas encore rompu avec son ancienne blonde. Ce ne sera pas aussi facile qu'il le croit.

Iris est malhonnête envers Katya et reçoit une aide inattendue de Mme Tran. Cependant, elle trahit sa confiance pour retrouver l'appui de ses amies.

Charles et Louka font preuve de courage et révèlent un grand secret.

Les élèves font une vidéo pour le père de Maude, qui vient de mourir. Seul Derek ne veut pas participer, et Fanny finira par comprendre pourquoi.

Nouvellement arrivé à l'école, Alex tente d'impressionner Fanny, allant jusqu’à commettre une infraction dans le bureau de la directrice.

Audrey veut se venger parce que son chum, Ahmed, vient de rompre avec elle. Mais sa vengeance tourne mal, et finalement, elle n’est pas si heureuse.

Nico est nerveux à l'idée d'aller au party à l'école. Il décide d'y apporter de l'alcool en catimini. Or, quelqu'un a volé sa bouteille…

Anouk pense que Marie-Laure vit une situation difficile à la maison, mais elle ne sait pas comment l’aider. Elle décide de lui parler, et Marie-Laure s’ouvre finalement à elle.

Emma voit Axelle embrasser Kevin, et elle réalise qu'elle éprouve encore des sentiments pour lui. Lorsqu’il lui annonce qu’il déménage bientôt, les choses se compliquent.