Après la crise cardiaque de Dan, Deb est à son chevet et pense au rôle qu’elle a joué dans cette tragédie. Haley et Nathan se sont mariés, et seuls leurs parents ont assisté à la cérémonie. De leur côté, Peyton et Brooke se réconcilient. Whitey apprend qu’il a une tumeur au cerveau. Lucas, lui, vit maintenant à Charleston avec Keith. Tous deux ont entamé une nouvelle vie, laissant leurs problèmes derrière eux. Mais quand ils apprennent que Dan est hospitalisé, ils font un examen de conscience.

Aidé par Peyton et Brooke, Lucas organise une réception de mariage pour Nathan et Haley. Si Jim, le père d’Haley, et sa mère, Lydia, acceptent pleinement le mariage de leur fille, ce n’est pas le cas de Deb. Quant à Dan, sa récente crise cardiaque l’amène à essayer de recoller les morceaux avec Deb et Lucas.

Même si Nathan et Haley sont déjà mariés, Tim insiste pour organiser une fête prénuptiale pour Nathan, et Brooke fait de même pour Haley. De son côté, Lucas n’arrive pas à décider s’il doit aller voir son père Dan à l’hôpital, tandis que Karen décide de reprendre les études et que Nathan commence à travailler pour Keith au magasin de voitures de Dan.

Le nouveau voisin de Brooke, un homme imbu de lui-même, lui sauve la mise quand elle se fait arrêter pour vol à l’étalage. Nathan et Haley ont leur première dispute depuis leur mariage.Les tentatives de Lucas pour aider Dan à se remettre virent au fiasco, car le naturel de Dan reprend le dessus. Peyton essaie de gérer un club pour personnes de tout âge, mais fignoler ce projet qui lui est si cher la met sous pression.

Felix organise une « soirée défis » pour tester les limites de ses nouveaux camarades de classe. C’est l’occasion pour Lucas de rencontrer la mystérieuse Anna, et pour Peyton, de confesser, en larmes, à un prêtre qu’elle vient d’essayer la cocaïne. Keith est sous le choc quand la magnifique Jules vient magasiner une voiture et joue de ses charmes avec lui, tandis que Karen a un rendez-vous avec Andy Hargrove, son jeune professeur.

La « soirée défis » a vu naître de nouvelles relations. Lucas et Anna passent une soirée romantique sous une pluie de météores, tandis qu’Andy invite Karen à un dîner-surprise et que Keith, pour son premier rendez-vous avec Jules, lui fait la cuisine. Brooke et Felix nouent une relation où tous deux trouvent leur compte, et Peyton cherche un numéro d’ouverture pour le club de Karen.

L’ouverture du TRIC, le club de Karen, rassemble les habitants de Tree Hill, mais Lucas et Felix se disputent au sujet d’Anna. Chris, qui devait assurer le numéro d’ouverture, annule à la dernière minute, forçant Haley à surmonter sa peur de chanter en public. Mouth s’occupe de Brooke, qui a trop bu, mais Felix entre en douce et tente de faire croire que c’est lui qui a pris soin d’elle. Keith et Jules réalisent que leur relation est passée au niveau supérieur, tandis que Dan lance un pavé dans la mare en disant à Karen que Deb a couché avec Keith.

Brooke, Peyton, Haley et Anna ont une soirée-pyjama chez Haley où bien des secrets et des mensonges sont révélés, tandis que Lucas et Nathan vont à un match des Bobcats. Nathan dit à Lucas qu’il passe des examens médicaux pour savoir s’il a la même malformation génétique que Dan, à l’origine de sa crise cardiaque, et il lui suggère d’en faire autant. Quand Karen et Andy tombent sur Keith et Jules, la rencontre crée un malaise, mais Karen et Andy finissent par passer la nuit ensemble.

Lucas emmène Anna au très chic bal de Tree Hill High, mais c’est avec Brooke qu’il termine la soirée. Haley, prise par ses obligations musicales avec Chris, arrive en retard, ce qui rend son mari furieux. Quant à Peyton, elle résiste tant bien que mal à l’appel de la drogue.

Inquiet pour la santé de son frère, Nathan apprend à Karen que Lucas n’a pas passé d’examen cardiaque. Dan demande à Keith de continuer d’assurer la vice-présidence de son affaire automobile, ce que Keith accepte, tandis qu’à l’école, les rumeurs sur l’homosexualité de Peyton vont bon train, ce qui affecte sa relation avec Anna. Nathan et Haley continuent de s’éloigner l’un de l’autre.

Taylor, la grande sœur d’Haley, débarque en ville, ce qui laisse cette dernière sans voix, mais pas autant que Nathan, qui reconnaît en Taylor une ancienne amourette. Brooke et Felix entament une vraie relation, Jake prend Peyton par surprise en arrivant à Tree Hill, et Anna confie un lourd secret à Lucas.

Nathan avoue à Haley qu’il a eu une aventure avec Taylor, mais cela n’incite pas pour autant Haley à lui parler des courriels qu’elle échange avec Chris. Tandis que Lucas et Karen continuent à se disputer au sujet de son refus de passer des examens cardiaques, Keith fait une proposition-surprise à Jules, et Brooke se bagarre pour obtenir de meilleures conditions de travail à son nouvel emploi.

Lucas reçoit les résultats de ses examens médicaux et emménage avec Dan, ce qui rend sa relation avec Karen et Nathan tendue. Quand le groupe The Wreckers se produit sur scène, Haley réalise qu’elle doit vivre sa vraie passion. Brooke vise la présidence du conseil étudiant, mais elle réalise vite que cela représente bien plus que ce qu’elle pensait. Quant à Peyton et Jake, leur amitié s’approfondit.

Son mariage avec Haley courant au désastre, Nathan traverse une crise émotionnelle et redevient celui qu’il était auparavant. Karen ne cesse de demander à Lucas pourquoi il a emménagé chez Dan et Deb. À l’école, Brooke devient présidente du conseil étudiant grâce à un coup de pouce de Mouth. Jake et Peyton échangent leur premier baiser.

Le projet de boîte à souvenirs de Tree Hill High est l’occasion pour Anna et les membres du groupe de confesser leurs secrets les plus intimes devant une caméra anonyme. L’absence d’Haley plonge Nathan dans une colère noire qui les conduit, Lucas et lui, en prison. Tandis que les sentiments entre Peyton et Jake s’intensifient, Felix organise une fête pour célébrer l’élection de Brooke à la tête du conseil étudiant. Au tribunal, Lucas choisit de vivre avec Dan et Deb plutôt qu’avec Karen.

C’est le grand jour pour Keith et Jules, et toute la ville est en effervescence. Brooke demande à Lucas de l’accompagner au mariage, Nathan prend une importante décision concernant son couple, et Jake et Peyton font progresser leur relation à pas de géant. Karen et Andy découvrent le lien qui unit secrètement Jules à Dan.

Désormais au courant que Jules est avec lui parce qu’elle était en mission pour Dan, Keith s’en prend violemment à lui. À l’école, Anna découvre que Felix est l’auteur du graffiti sur le casier de Peyton, et elle le dénonce à la direction. Et tandis que Brooke évoque avec Lucas la possibilité de quitter Tree Hill pour toujours, Nathan décide de ramener Haley à la maison.

De retour après être allé voir Haley en tournée, Nathan passe du temps avec Taylor dans l’espoir de s’amuser un peu, et peut-être plus... Anna reçoit la visite-surprise de son ancienne petite amie, ce qui lui fait penser qu’il est temps de parler de son orientation sexuelle à ses parents. Lucas et Andy travaillent main dans la main pour anéantir Dan, Karen serre la vis à Brooke, et Peyton et Jake continuent de garder la petite Jenny loin de Nikki.

Cooper, l’oncle de Nathan, arrive à Tree Hill pour les emmener, Lucas et lui, faire une course automobile. Sur la piste, la belle Daytona et son détestable frère Garrett défient Nathan et Lucas de faire la course, mais les choses virent au drame. Deb devient de plus en plus dépendante aux antidouleurs, et Dan révèle que Karen a une liaison avec son professeur devant toute la classe d’Andy.

Après son accident, Nathan est dans le coma. Il rêve à ce que sa vie aurait été si Dan était resté avec Karen et Lucas au lieu d’épouser Deb. Dans ce monde imaginaire, Lucas est riche et en impose, tandis que Nathan vit dans un quartier pauvre de la ville.

Nathan sort de l’hôpital et rentre chez lui, où il trouve une pile de factures impayées et un avis d’expulsion. Pour l’aider, Lucas, Peyton et Brooke organisent une soirée de cinéma afin de collecter des fonds. Dan aussi vient au secours de Nathan, mais son cadeau est assorti d’un ultimatum : Nathan doit demander à Haley d’annuler leur mariage.

Décidés à aller voir Haley, Lucas et Brooke vont passer une nuit à New York, et tous deux se rapprochent, tandis que Nathan et Deb complotent pour quitter Dan. Mais celui-ci découvre leur plan, dont la conclusion s’annonce explosive. Au TRIC, Peyton est folle de joie d’apprendre que le groupe Jimmy Eat World sera là à temps pour la libération de Jake, tandis qu’Andy invite Karen à passer l’été avec lui en Nouvelle-Zélande.

Décidés à aller voir Haley, Lucas et Brooke vont passer une nuit à New York, et tous deux se rapprochent, tandis que Nathan et Deb complotent pour quitter Dan. Mais celui-ci découvre leur plan, dont la conclusion s’annonce explosive. Au TRIC, Peyton est folle de joie d’apprendre que le groupe Jimmy Eat World sera là à temps pour la libération de Jake, tandis qu’Andy invite Karen à passer l’été avec lui en Nouvelle-Zélande.