Haley est profondément touchée que Nathan ait tenté de sortir son oncle Cooper et Rachel Gatina de l’eau après leur accident de voiture. Quant à Brooke, elle révèle ses vrais sentiments à Lucas, et Peyton fait une étonnante découverte. De son côté, hanté par l’idée que quelqu’un sait qu’il a tué son frère, Dan agresse Deb.

Nathan, Rachel et Cooper voient leur vie perturbée après l’accident de voiture. Brooke célèbre son dix-huitième anniversaire, mais la fête est ternie par sa brouille avec Peyton. Lucas et Karen acceptent la grossesse de celle-ci de même que celle d’une autre personne proche de Lucas, et Haley découvre que Deb a eu des problèmes de dépendance par le passé.

Pendant la fête organisée après le match , Lucas et Brooke, qui ont rompu, se disputent et Haley réalise que Rachel fait tout pour attirer Nathan dans ses filets. Peyton fait la connaissance de son demi-frère, Rachel révèle qu’elle sait qui est enceinte, et Skills se joint à l’équipe de basketball des Ravens.

Au Tric, Peyton présente la coqueluche du hip-hop Lupe Fiasco, tandis que les rumeurs sur la grossesse de Brooke vont bon train. Nathan, toujours hanté par l’accident de voiture, achète une moto malgré les réserves exprimées par Haley, et Lucas affronte Derek, un nouveau venu qui montre beaucoup d’intérêt pour Peyton. De leur côté, Deb double Karen et Rachel pose pour le magazine Maxim.

Lucas découvre que l’intérêt de Derek pour Peyton est plus que fraternel; Derek devient menaçant. Quand Nathan se voit offrir une bourse pour s’inscrire à l’Université Duke, Haley a l’impression qu’il fuit. Tandis que les rumeurs sur la grossesse de Brooke se répandent, Rachel lui organise un rendez-vous surprise avec un homme plus âgé, trouvé sur Internet. Quant à Deb, elle tente de surmonter sa dépendance aux pilules, à la demande de Nathan.

Nathan et Haley ont des problèmes d’argent, et Nathan demande à Dan de les aider. Lucas se joint aux Ravens malgré ses problèmes cardiaques et fait équipe avec Skills. Peyton se sent isolée et seule, mais elle trouve du réconfort de manière inattendue. Brooke recommence à fréquenter un homme, mais elle découvre que son petit ami n’est pas ce qu’il semble être. Micro reçoit une proposition surprenante et Daunte, une vieille connaissance de Dan, se montre soudainement intéressé par Nathan.

Tandis que Brooke gère un défilé de mode et un nouveau petit ami, Rachel fait la couverture du magazine Maxim, créant le chaos à Tree Hill High. Quand Lucas apprend que Nathan a conclu un pacte avec Daunte, il doit choisir entre Nathan et son amour pour le basketball. Haley fait du gardiennage d’enfants, mais se trouve vite dépassée, tandis que Derek, le demi-frère de Peyton, force celle-ci à affronter ses plus grandes peurs. CariDee English, une vraie concurrente de l’émission America's Next Top Model, est la vedette invitée de cet épisode, où elle incarne Tia.

Derek persuade Peyton de tenter sa chance avec Lucas, mais au même moment, Brooke essaie de renouer avec lui. Parallèlement, la dernière exigence de Daunte pousse Nathan à demander de l’aide à une personne inattendue : Dan. Rachel apprend que ses notes ne sont pas suffisantes pour s’inscrire à l’université et elle demande à Haley de lui donner du tutorat. Nathan est nommé meilleur joueur des Ravens au banquet sportif annuel.

Le dernier match de Whitey approche et les habitants de Tree Hill sentent monter la pression d’un affrontement décisif pour le championnat national. Peyton révèle ses sentiments à Lucas, et Haley apprend le sexe de son bébé. Nathan et Lucas se disputent, car leurs objectifs personnels et concernant l’équipe divergent. Tandis que Karen apprend à Deb que qui aime bien châtie bien, Dan tente de conclure un marché avec Daunte.

Lucas reçoit la visite inattendue de son oncle, censé être mort. La grossesse d’Haley se passe mal, menaçant sa vie et celle de son enfant à naître. Nathan est rongé par la culpabilité et les conséquences de son pacte avec Daunte, tandis que Dan essaie de faire amende honorable pour le meurtre de Keith. De leur côté, Peyton et Brooke tentent de concilier leurs différences.

Après sa crise cardiaque, Lucas retourne à l’école et espère raviver la flamme de sa relation avec Peyton. Haley apprend qu’elle a eu son accident à cause de Nathan, tandis que Brooke et Rachel inventent un stratagème pour voler le corrigé du prochain examen de maths. De leur côté, Dan est accusé de meurtre et Deb s’évade du centre de désintoxication.

Le bal de fin d’année approche et les blessures d’Haley sont de plus en plus frustrantes pour elle. Skills et Micro essaient d’aider Nathan à gagner de l’argent pour le grand jour en faisant du strip-tease. De leur côté, Brooke trahit Rachel pour se rapprocher d’un nouveau venu et Peyton et Lucas décident d’être heureux. Quant à Deb, toujours en proie à sa dépendance, elle fait un choix qui pourrait mettre fin à sa vie.

Un devoir de classe met au jour les plus grands secrets et désirs de Lucas et des élèves de Tree Hill High. Skills, inquiet de son avenir scolaire, se tourne vers Haley. Quant à Nathan, il tente de gérer la tentative de suicide de Deb. Chase, le nouveau venu dans la classe de Brooke, apprend qu’elle a triché à son examen de maths.

Haley confronte Brooke au sujet de sa tricherie à l’examen de maths. Quand Lucas et Peyton envisagent de faire passer leur relation au niveau supérieur, Peyton et Brooke se rapprochent. En l’absence de Deb, Nathan organise une fête de finissants chez les Scott, où une vidéo à caractère sexuel appartenant au passé de Nathan fait surface.

Le jour du bal de fin d’année, tout le monde à Tree Hill subit les répercussions de la fête organisée chez les parents de Nathan : Haley lui demande la liste de ses précédentes conquêtes, Rachel est suspendue après avoir endossé la tricherie de Brooke, Peyton dit à Lucas qu’elle ne veut pas assister au bal et Micro et Brooke gèrent leur rendez-vous de jeunes chastes le soir du bal.

Lucas découvre qui a assisté au meurtre de son oncle l’année dernière. Peyton refuse d’assister au bal, entraînant des conséquences désastreuses, tandis que Nathan et Haley jurent de se comporter au bal comme des ados romantiques. De son côté, Dan tente de gagner l’affection de Karen, mais le témoin de son meurtre se rapproche.

Les adolescents de Tree Hill organisent une mission de sauvetage afin de venir à la rescousse de Micro, qui a été mal conseillé pour son voyage avec Rachel. Pendant le trajet, Haley et Nathan ont une deuxième chance de profiter du bal de fin d’année, tandis que Lucas et Peyton font passer leur relation au niveau supérieur. Brooke avoue à Haley qu’elle a menti au sujet de l’examen de maths et Nathan est aux prises avec les traces d’une vieille erreur.

Nathan craint pour son avenir quand d’anciennes erreurs reviennent les hanter, lui et Haley. Lucas entre en contact avec le mystérieux témoin du meurtre de son oncle, et la confession qu’il entend le laisse sous le choc. Quant à Brooke, elle renoue avec Peyton après avoir croisé le chemin de Chase.

Nathan et Haley se rapprochent malgré le récent scandale. Tandis que Brooke se demande si la flamme pourrait être ravivée entre elle et Chase, Peyton reçoit une offre alléchante qui pourrait finir par l’emmener loin de Tree Hill. Micro renoue avec Gigi, et Lucas dit à Karen que Dan est un assassin, déclenchant une série d’événements explosifs.

Le jour de la remise des diplômes à Tree Hill arrive enfin. Voulant soulager sa conscience, Brooke prend une importante décision. Haley prépare son discours d’adieu, et Peyton accepte un stage en Californie. La grossesse de Karen connaît des complications, et Nathan, qui n’a pas pu obtenir de bourse en raison du récent scandale, tente de définir son avenir. Lucas, lui, dit à Deb la vérité sur ce qu’a fait Dan.

Les diplômés de Tree Hill High passent ensemble leurs derniers moments, à la fois doux et amers. Au même instant, Karen et Haley ont toutes deux des contractions; les êtres qu’elles chérissent sont à leurs côtés. Brooke vit d’étonnantes retrouvailles avec une figure du passé, Peyton est déchirée à l’idée de passer l’été loin de ses amis et Dan tente de soulager sa conscience en prenant une décision déterminante. Nathan et Lucas repensent au formidable voyage qui les a amenés à être de vrais frères et cherchent à tourner la page sur l’histoire entourant Dan.