La deuxième saison d’Outlander débute par l’arrivée de Claire et de Jamie en France. Ils sont déterminés à infiltrer le mouvement de rébellion jacobite mené par le prince Charles Stuart et à empêcher la bataille de Culloden d’avoir lieu.

De retour à l’époque d’où elle vient, le 20e siècle, Claire doit réconcilier son avenir avec la vie et l’amour qu’elle a laissés derrière elle. On replonge dans le 18e siècle : Jamie, Claire et Murtagh arrivent sur la côte de la France pour changer le cours de l’histoire, mais ils découvrent rapidement que Paris présente des défis particuliers.

La vie à Paris n’est pas de tout repos : Jamie se démène pour surmonter les traumatismes liés à son passé. Une belle rencontre avec le prince Charles, chef jacobite, offre des occasions intéressantes, tandis que la présence du duc de Sandringham entraîne des complications.

La vie de Jamie est dominée par des machinations politiques, et Claire trouve du réconfort dans ses compétences de guérisseuse. Au moment où leur plan visant à stopper la bataille de Culloden avance, incluant l’embauche d’un jeune pickpocket, le passé menace de faire avorter leur progression.

Claire et Jamie organisent une soirée dans le but d’empêcher des investisseurs de contribuer aux efforts de guerre du prince Charles. Pendant ce temps, la révélation de Claire, selon laquelle Jack Randall est vivant, suscite chez Jamie une étonnante réaction pendant que Claire et lui tentent de retrouver leur intimité sexuelle.

Réunis de nouveau, Jamie et Claire tentent d’éteindre les feux que leur soirée a allumés. Toutefois, Claire entreprend un virage inattendu. La relation entre Jamie et Claire est mise à rude épreuve lorsque le passé vient les hanter.

Jamie et Claire se servent des connaissances médicales de Claire pour fomenter un complot visant à stopper une transaction de vin susceptible de garnir les coffres du prince. Quand Claire apprend que Jamie est revenu sur sa parole, le couple doit composer avec des conséquences désastreuses qui changeront leur vie à jamais.

Claire est amenée à l’hôpital des Anges, où les médecins tentent de lui sauver la vie ainsi que celle de son enfant à naître. Le roi Louis demande à Claire de juger deux hommes accusés de pratiquer la magie noire : l’un est un ennemi, l’autre, un ami.

Claire et Jamie font appel au grand-père de Jamie, lord Lovat, dans l’espoir d’obtenir du soutien pour la cause jacobite. Toutefois, Colum MacKenzie, en visite, a d’autres plans, et les machinations de lord Lovat n’ont d’autres desseins que de servir ses propres intérêts.

Claire et Jamie se retrouvent avec Angus, Rupert and Dougal, au moment où ils s’entraînent pour la guerre. Jamie est aux prises avec Dougal, et la bataille personnelle que mène Claire contre ses souvenirs de la Seconde Guerre mondiale pèse lourd. Un jeune Anglais nommé William Grey fait une visite surprise au campement.

Faisant confiance à la connaissance que Claire a de l’histoire, Jamie amène l’armée jacobite à s’engager dans une bataille critique contre l’opposition britannique près de la ville de Preston. Pendant ce temps, Claire prend soin des morts et des mourants, triste rappel des véritables conséquences de la guerre.

Claire et les Highlanders sont envoyés dans le Nord pendant que les chefs jacobites décident d’interrompre leur marche sur Londres. Une troupe de soldats anglais donne du fil à retordre aux Écossais, permettant à Claire de faire une rencontre inattendue.

Au moment où Jamie consacre toute son énergie à faire en sorte que l’armée jacobite évite le massacre imminent de Culloden Moor, Claire tente de réconforter Alex Randall, qui est malade. Elle est renversée par la volonté d’Alex de mettre en œuvre un plan scandaleux visant à sauver la mère de son enfant.

Remontant le temps jusqu'en 1968, Claire revisite le passé et révèle à sa fille Brianna la vérité sur ses origines. De retour au 18e siècle, l'heure de la Bataille de Culloden a sonné et Jamie doit tout faire pour sauver les gens qu'il aime.