L’amitié entre Jane et Maura est mise à mal lorsque Jane tire sur le père biologique de Maura, le gangster Paddy Doyle. Jane fait aussi l’objet d’une enquête des affaires internes, et sa relation avec l’agent Dean est révélée.

Les tensions s’accumulent entre Jane et Maura, et leurs proches sont pris dans leur dispute, mais les deux doivent mettre leurs différends de côté pour enquêter sur une étudiante trouvée morte dans un tunnel. Entre-temps, le père de Jane, Frank Rizzoli, revient avec des nouvelles qui contrarient Angela.

Lorsque Maura rencontre un nouveau venu nommé Dennis dans des circonstances très inhabituelles, ce dernier lui révèle un côté différent d’elle-même. Pendant ce temps, Jane est aux prises avec des sentiments mitigés lorsque quelqu’un de son passé réapparaît.

De jeunes professionnelles habillées en poupée sont retrouvées mortes dans les transports en commun, et Jane et Maura doivent rassembler les indices. Angela met en pratique de nouvelles idées pour le café, et Jane en apprend davantage sur la manière dont Casey a été blessé.

Jane cherche une manière d’organiser une rencontre entre Maura et sa mère biologique, la docteure Hope Martin. Angela participe à une campagne politique, et une religieuse sortie du passé de Jane et de Frankie Jr. réapparaît.

Lorsqu’un homme riche est trouvé assassiné, Jane et Maura doivent déterminer si le crime est lié à son entreprise. Entre-temps, Maura se rapproche de sa mère biologique, la docteure Hope Martin, et de sa demi-sœur. Angela et le lieutenant Cavanaugh poursuivent leur flirt.

Les détectives doivent rassembler des indices incomplets pour découvrir l’assassin d’un couple de psychiatres. Jane doit s’investir dans l’enquête davantage que ce à quoi elle s’attendait. Par ailleurs, lorsque le service de police de Boston organise un séminaire pour les médecins légistes, un des participants propose son aide à Jane et Maura pour faire avancer l’enquête. Entre-temps, les Rizzoli ont fort à faire lorsqu’ils découvrent qu’ils pourraient avoir un lien avec une inconnue enceinte qu’ils ont rencontrée.

Une future mariée est assassinée juste avant la cérémonie. Jane et Maura doivent déterminer si l’ex-petite amie du fiancé est impliquée dans ce meurtre ou si celui-ci est plutôt en lien avec les origines européennes de la fiancée. À la maison, Jane a un nouveau voisin qui attire l’attention d’Angela, de Frankie et de Frost.

La vedette d’un boys band revient dans sa ville natale pour un concert et est assassiné. Jane et Frankie, qui ont grandi avec la victime, travaillent d’arrache-pied pour résoudre le crime. Pendant ce temps, Jane et Maura doivent décider si elles devraient dire la vérité à Angela au sujet de la grossesse de Lydia, au moment où Angela se prépare à organiser une fête pour la future mère.

Lorsqu’une statue se brise, on découvre le cadavre d’une femme à l’intérieur. Jane et Maura doivent trouver rapidement l’assassin qui n’en est pas à sa première victime. Au quartier général de la police, on vient de nommer un nouvel inspecteur criminel au sein de l’escouade. Entre-temps, Dennis Rockmond revient à Boston et tente de renouer avec Maura. De son côté, Lydia est sur le point d’accoucher.

Un homme meurt empoisonné alors qu’il prenait son petit-déjeuner au café de la division 1, et Jane et son équipe doivent rapidement élucider l’affaire. Angela et le coléreux Stanley sont tous les deux suspectés. Pendant ce temps, Tommy veut une preuve qu’il est le père biologique du bébé de Lydia lorsque celle-ci vient chercher son enfant. De son côté, l’inspecteur Korsak retrouve une de ses ex-femmes.

Lorsqu’un jeune écrivain connu pour son autobiographie est retrouvé mort, on en conclut qu’il s’agit d’un suicide, mais Jane et Maura découvrent rapidement que l’affaire est plus complexe. En parallèle, Frost développe une obsession pour une vieille enquête impliquant un jeune étudiant afro-américain dont l’appel vient d’être refusé. Jane découvre qu’Angela entretient une relation secrète.

Le monde virtuel et le monde réel s’entremêlent lorsqu’un jeune maître brasseur est assassiné. Angela essaie d’oublier l’échec de sa dernière relation en fréquentant quelqu’un de nouveau. Pendant ce temps, Jane et son équipe commencent à parrainer des adolescents défavorisés, une initiative qui tourne pratiquement au désastre.

Lorsqu’un ancien joueur de football américain de niveau universitaire est poignardé dans un lave-auto pendant une collecte de fonds pour son alma mater, Jane, Maura et leur équipe doivent trouver des indices pour retrouver l’assassin. Entre-temps, la mère de Frost arrive à Boston avec des nouvelles inattendues. Lorsque le lieutenant-colonel Casey rencontre Jane, il est obligé de lui révéler des nouvelles surprenantes qui le concernent.

La docteure Hope Martin revient pour demander à Maura de lui rendre un service qui pourrait changer le cours de la vie de cette dernière. Jane s’inquiète de l’opération que doit subir le lieutenant-colonel Casey Jones à la colonne vertébrale. Tommy est venu présenter son bébé TJ, mais tout s’arrête lorsqu’un immeuble s’effondre prenant au piège des êtres qui lui sont chers.