Une personne est tuée pendant un défilé en ville, et l’affaire fait ressortir des tensions familiales et politiques. Maura, qui est aux prises avec ses propres problèmes familiaux, n’est plus vraiment la même. Une visite-surprise du lieutenant-colonel Casey Jones est l’occasion de révélations choquantes.

Alors qu’elle enquête sur le meurtre d’un étudiant en journalisme particulièrement zélé, Jane est mécontente quand elle apprend qu’un ancien collègue réintègre le service de police de Boston comme nouveau lieutenant de l’unité antidrogue. Le meurtre sur lequel elle enquête l’oblige rapidement à l’affronter, et l’événement survenu dans le passé qui a mis à mal leur relation refait surface. Entre-temps, une information préoccupante donnée par Cailin amène Maura à faire enquête sur Hope.

Le baptême de TJ tourne à la tragédie après la découverte d’un cadavre dans l’église. Jane abuse pratiquement de son pouvoir pour protéger son frère Tommy, lorsque le fiancé de Lydia, Stuart Strawbridge, menace de demander la garde du bébé. Par ailleurs, des compressions budgétaires provoquent de graves tensions au sein du service de police.

Maura devient le suspect principal dans une affaire d’homicide lorsqu’un homme avec qui elle a passé la soirée est retrouvé mort. Maura ne se souvient de rien. Au fur et à mesure que les preuves s’accumulent contre elle, Jane s’efforce de protéger sa meilleure amie tout en faisant son travail.

C’est le premier jour du procès pour meurtre de Paddy, et Maura en apprend plus sur son père par l’entremise de Hope. Korsak parle enfin du passé tragique de Cavanaugh. Dans un rebondissement inattendu, Maura et Jane dévoilent un secret troublant au sujet de Paddy et Hope qui bouleverse tout le monde.

Lorsque Jane, assaillie de difficultés, renverse son café sur une inconnue, la scène est filmée et devient virale sur le web, ce qui risque de nuire à sa carrière et à sa réputation. En parallèle, l’escouade doit se dépêcher pour résoudre un meurtre bizarre qui implique un adepte des théories de conspiration.

Un professeur de collège est tué par un conducteur qui prend la fuite. Il est clair qu’il ne s’agit pas d’un accident. L’escouade enquête pour résoudre l’affaire, mais Jane est préoccupée par le favoritisme dont fait clairement preuve le lieutenant Martinez envers son unité antidrogue.

On fait appel à Frankie Jr. pour aider à résoudre une affaire de meurtre sordide au sein d’une ligue junior de hockey. Cailin, frustrée par le comportement de Hope, demande à habiter avec Maura. Cette dernière apprend vite que vivre avec sa demi-sœur cadette nécessite des aptitudes qu’elle ne possède pas.

Lorsqu’on demande à Jane et à Maura de présenter le cas du tueur en série Charles Hoyt dans un symposium sur le travail de police, Jane craint surtout que cela ramène de mauvais souvenirs. Cependant, lorsqu’elle et Maura se lancent dans une simulation de l’enquête sur les meurtres commis par Hoyt, elles font rapidement une horrible découverte. En l’espace d’un instant, l’équipe se retrouve plongée dans un jeu du chat et de la souris mortel avec un nouveau tueur en série terrifiant.

Après la mort d’un homme dans une course d’accélération nocturne, l’escouade doit résoudre rapidement une affaire qui s’avère particulièrement dangereuse. Au fur et à mesure que les faits se précisent, Jane présume que le meurtre pourrait être lié à un trafic de drogue. Toutefois, lorsqu’elle se tourne vers le lieutenant Martinez pour obtenir de l’aide, celui-ci semble vouloir entraver l’enquête.

Une juge meurt de manière tragique pendant un procès simulé. Entre-temps, l’intérêt croissant d’Angela pour la vente de biscuits intrigue Jane qui la soupçonne d’avoir des problèmes financiers. De son côté, Tommy engage un avocat pour régler sa plainte contre le Storrow Center.

L’escouade est à pied d’œuvre pour résoudre un violent homicide dont les preuves sont contradictoires. Maura se demande avec inquiétude si elle doit héberger son grand-père qui vient d’être mis en liberté conditionnelle. Jane et Casey sont forcés de choisir entre leurs carrières et leur relation amoureuse.

La réapparition 20 ans après d'un kidnappeur déguisé en clown sème la crainte au sein de l'escouade. Cherchant désespérément des indices, les policiers fouillent dans les dossiers concernant des enlèvements non résolus ayant eu lieu durant le terrible ''été du clown'' en 1988. La relation de Jane et de Casey devient de plus en plus sérieuse, et ils sont obligés de reconnaître qu'un des deux devra faire des compromis s'ils veulent continuer. Maura fait aussi face à un dilemme lorsqu'elle se retrouve par inadvertance dans une nouvelle relation.

Un chanteur et guitariste est brutalement et mystérieusement poignardé dans un bar. Au fur et à mesure que les détails de l’affaire sont connus, l’équipe se rend compte que la victime avait quelque chose à cacher. Le père de Jane revient après une absence de plus d’un an, et il a des nouvelles renversantes à annoncer.

L’enquête sur la mort subite du chef d’un camion de cuisine de rue indique qu’il a probablement été empoisonné, mais de nombreuses questions restent sans réponses. Tommy annonce de grands plans qui suscitent l’enthousiasme d’Angela. La mère naturelle de Maura, Hope, s’enhardit et cherche à réparer les torts qu’elle a causés à sa fille.

Le ministère de la Sécurité intérieure entre en jeu lorsque la fille d’un sénateur est trouvée assassinée. L’escouade doit rapidement résoudre l’affaire qui pourrait compromettre la sécurité nationale. Entre-temps, Tommy renoue avec ses mauvaises habitudes et il en vient aux mains avec Frankie. Jane révèle des nouvelles choquantes qui pourraient changer sa vie pour toujours.