Quand un membre du service de police de Boston se trouve accusé d’avoir abattu un homme non armé sur le quai du métro bondé de monde, l’équipe doit se battre pour trouver le vrai meurtrier et laver la réputation du détective impliqué. Mais avec les Affaires internes sur le dos, il devient difficile pour l’équipe d’éclaircir les circonstances de la fusillade.

Jane et Maura sont en immersion dans le monde impitoyable des compétitions de pêche à l’achigan, où les enjeux sont considérables, quand un pêcheur en tête du tournoi est assassiné. Frankie paie le prix fort pour avoir perdu un pari.

Jane et Maura sont appelées dans un centre de recherche universitaire qui étudie la décomposition des corps humains : la victime d’un meurtre a été retrouvée enterrée sous une mince couche de terre parmi les cadavres destinés à la recherche. Angela cache à Jane des secrets bien enfouis.

Le meurtre d’un célèbre cambrioleur mène Jane et Maura dans le monde du vol d’objets d’art et des contrefaçons et force Jane à composer avec un agent du FBI qui s’intéresse de près à son cas. Angela a un nouvel homme dans sa vie.

Le meurtre d’une technicienne d’identification judiciaire met l’équipe sous le choc. Quand on soupçonne que la victime a falsifié des preuves dans des enquêtes du service de police de Boston, Maura est suspendue de ses fonctions. Jane est alors déterminée à coincer le tueur et à laver le service de police de tout soupçon pour que Maura soit réintégrée dans l’équipe.

Un meurtre est commis, mais la bonne nouvelle, c’est qu’il y a un témoin. La mauvaise nouvelle, c’est que ledit témoin souffre de prosopagnosie, un trouble de l’identification des visages, et qu’il ne peut pas reconnaître le tueur. Les Rizzoli se préparent à recevoir la visite d’un cousin, roi de la magouille.

Une jeune fille de 16 ans est retrouvée assassinée, enfermée dans une cage : Jane et Maura vont devoir composer avec le dilemme éthique d’un psychiatre et la rigidité d’un procureur pointilleux pour trouver le tueur. Jane a des problèmes de canapé et Frankie voit des ovnis.

Quand le bijoutier des personnalités en vue de Boston meurt, l’enquête mène à la famille Isles... et à un secret que Maura a caché presque toute sa vie.

Le meurtre d’un étudiant prend une étrange tournure quand Jane et Maura découvrent qu’il avait 32 petites amies. L’enquête sur son assassinat les conduit dans un monde de développeurs d’applications, d’amours virtuels et de relations fondées sur le mensonge. Korsak présente enfin la nouvelle femme de sa vie à tout le monde.

Une entraîneuse de chiens est retrouvée morte chez elle, et son champion de rottweiler est le principal suspect. Tandis que l’équipe enquête sur cet improbable meurtrier, Maura a une interaction particulière avec Kent.

Un cadavre est découvert à Boston, visiblement lié à un meurtre commis à Los Angeles. Jane et Maura prennent donc leur crème solaire et sautent dans un avion. Les filles parties, Angela et Korsak prévoient un double rendez-vous amoureux avec leurs flammes respectives, Ron et Kiki.

Quand une vieille montre est trouvée dans un ballon de cocaïne à l’intérieur de l’estomac d’une femme décédée, la signification de cette découverte devient l’élément clé pour protéger Jane... et les gens qu’elle aime.

Maura se fait enlever, et rien n’arrêtera Jane et l’équipe, qui tentent de la ramener à la maison. Loin de là, Maura découvre un complot qui va bien au-delà de son enlèvement et dont Jane est la véritable cible.

Un agent de sécurité intervient pendant un vol et tue l’un des voleurs alors qu’il est lui-même blessé. Jane et Maura font équipe pour résoudre cette affaire, où la recherche du complice du voleur soulève des questions troublantes. Jane poursuit ses efforts pour protéger Maura et Angela, mais le prix à payer est-il trop élevé?

Une femme est retrouvée assassinée dans un décor sinistre tout droit sorti d’un film d’horreur. L’équipe découvre alors un jeu « effrayant » où des gens paient pour être terrorisés.

Dans un quartier tranquille, des échanges de coups de feu font un mort. Jane et Maura sont alors propulsées dans le monde secret d’un gang d’Europe de l’Est. Maura jongle avec le travail et le jeu tout en composant avec la fièvre. Angela et Kent lui prescrivent plusieurs remèdes maison qui ont un effet surprenant.

L’horloge tourne tandis que l’équipe s’efforce de résoudre un meurtre aux conséquences explosives. Angela rechigne quand Ron lui propose une escapade romantique.

Un agent de la sûreté de l’État est tué dans le Maine, et la voiture des fuyards permet de remonter jusqu’au cerveau qui a orchestré les attaques contre Jane. L’équipe doit désormais dénouer le mystère qui entoure l’obsession de ce chef d’orchestre pour Jane afin de la protéger. Les rôles sont alors inversés et le chasseur devient la proie.