Découvrant Huck transi de froid dans sa cabane, Tom lui propose de venir dormir dans la remise de l’école. Mais mal lui en a pris, car au même moment, la boussole de M. Dobbins a disparu, et ce dernier est persuadé que c’est ce vaurien de Huck qui l’a volée. Victime de sa mauvaise réputation, le garçon se retrouve aussitôt en prison, et Tom est prêt à tout pour prouver que son ami est bel et bien innocent. Même si ça doit passer par une évasion de prison!

Pour récupérer leur maquette d’oiseau échouée dans le saloon, Tom et Huck éloignent Floyd en lui faisant croire que de l’or a été trouvé près du fleuve, mais très vite la rumeur fait son effet : tout le monde part à la recherche de l’or et Saint Petersburg se vide! Sans la surveillance des parents dans la ville, les enfants peuvent enfin faire tout ce qui leur plaît. On s’amuse comme des petits fous quand Joe et Muff rappliquent avec l’intention de tout voler dans Saint Petersburg… Tom et ses camarades abandonnent leurs jeux pour tenter d’empêcher Joe et Muff de tout piller.

Huck est en panique : Joe s’est installé dans sa cabane et refuse de partir! Tom invite son copain à dormir chez lui en attendant de trouver comment faire fuir Joe. Quand tante Polly découvre la présence de Huck, elle se fait une joie de prendre soin de lui : il sera donc lavé, portera des habits neufs et, pourquoi pas, elle lui apprendra les bonnes manières. Pour Huck c’est un cauchemar! Il faut récupérer sa cabane au plus vite. Tom et sa bande vont devoir contrecarrer les plans de Joe. En l’espionnant, ils découvrent que si le bandit occupe la cabane, c’est parce que, depuis ce point de vue, il peut surveiller l’arrivée prochaine d’un bateau dont il compte dévaliser la cargaison de bijoux…

Comme chaque année, la traditionnelle Course des pionniers, une compétition à travers bois et collines, oppose les enfants du comté. Cependant, cette fois-ci, Alfred, aussi orgueilleux que maladroit en pleine nature, est bien décidé à la gagner. Il n’hésite pas à utiliser le chantage pour obliger Tom à l’aider. Et voilà Tom lancé sur le parcours comme ange gardien d’Alfred, un rôle déjà pas très marrant, mais qui devient un vrai crève-cœur quand il doit en plus empêcher son ami Huck de gagner…

Tom et sa bande surprennent Floyd en train de fomenter un plan pour couler l'épicerie de Mrs Rogers, qui a réussi à obtenir la fermeture du saloon en soirée. Mais dans l’action, Ben brise un fer à cheval et acquiert la conviction qu’il est frappé par la malchance. Persuadé qu’il peut être dangereux pour les autres, il décide de s’exiler dans un arbre. Mais Tom a besoin de lui pour récupérer les marchandises de sa mère. C’est finalement grâce à lui qu’elles sont sauvées, et Floyd confondu. Ben admet alors que le fer à cheval n’y est pour rien dans ses malheurs et reprend fièrement confiance en lui.

Au cours d’un pari lancé par Alfred, Tom et la bande perdent le quartier général lors d’une partie de lance-pierre. C’est un déchirement pour la bande de devoir se séparer de son refuge. Mais Tom ne tarde pas à découvrir que, pour gagner, Alfred a triché en sabotant son lance-pierre. Dès lors, la bande entend récupérer son bien. Sauf qu’Alfred n’a aucune intention de céder le QG et que, entre-temps, il s’est lié d’amitié avec d’autres jeunes. Commence alors une guerre entre les deux bandes où tous les coups sont permis…

Des arbres ont été coupés près du quartier général des enfants. C’est Joe qui, aidé de Muff, s’apprête à décimer la forêt pour le compte d’un acheteur. Le paradis des enfants est en danger, et la résistance est lancée!

Tom aide Huck à soigner Ali Croquette, l’alligator qui a pris l’habitude de le suivre quand il pêche. Par mégarde, Sid vend la mèche à Tante Polly qui panique et alerte le shérif. Comme la rumeur enfle dans la ville, une battue est lancée pour éliminer le dangereux reptile. Tom et Huck se mobilisent alors pour sauver leur protégé et le ramener à la vie sauvage.

Tom a passé un marché avec tante Polly : il rapporte un bon carnet scolaire en échange de quoi elle lui donnera l'argent nécessaire à l'achat d'un flamboyant moulinet pour la pêche. Ce moulinet, il rêve d'en faire la surprise à Huck. Malheureusement, M. Dobbins est d'une humeur massacrante et les élèves se font punir pour un rien. Misant sur le fait que c'est une fuite dans le toit de l'école qui rend l'enseignant si bougon, Tom parvient à faire engager Huck pour les réparations. Mais la toiture retapée n'y change rien, et l'enseignant persiste dans les injustices. C'en est trop pour Tom, qui décide de se révolter et encourage tous ses camarades à le suivre dans les bois : c'est la grève générale à l'école!

Catastrophe! Alors qu’en compagnie de Harper, Tom joue avec le cerf-volant qu’il a « emprunté » à son frère Sid, le jouet tombe dans le fleuve. Tante Polly avait interdit à Tom d’y toucher; une grosse punition l’attend donc. Mais, ô joie, en essayant de récupérer les restes du cerf-volant, les deux amis découvrent une magnifique pépite d’or! Grâce à cette trouvaille inespérée, Tom va pouvoir remplacer le cerf-volant de Sid. Quant à Harper, qui a développé un béguin pour Jenny, il offrira un magnifique banjo à l’élue de son cœur. Ben, qui garde ce jour-là l’épicerie, accepte même de faire crédit à Tom pour le cerf-volant. Toutefois, il faut que, dès le lendemain, Tom et Harper aillent vendre la pépite à Jacksonville. Hélas, Floyd a épié la scène et tente de s’emparer du précieux trésor.

En pourchassant le voleur des poules de Jenny, Tom est tombé sur un loup. Dès lors, Huck en est sûr : leur voleur est en réalité un homme-loup! Et quand il découvre que ce dernier a griffé Tom, c'est la catastrophe! Si Tom n'enraye pas la malédiction avant la prochaine pleine lune, il se transformera pour toujours en loup! Il n'y a pas une minute à perdre. Tom et sa bande s'organisent pour retrouver le loup responsable du coup de griffe et remontent ainsi la trace de Wanikiy : et si c'était lui, leur homme-loup?

Tom fait un rêve dans lequel Becky est en danger, menacée par une ombre qui fonce sur elle. Bientôt persuadé qu’il s’agit d’un rêve prémonitoire et qu’il va réellement arriver malheur à son amie, Tom joue le garde du corps pendant qu’ils ramassent ensemble des feuilles en vue de constituer un herbier pour l’école. Hélas, Tom est si collant que Becky finit par se fâcher et part à son insu ramasser de nouvelles feuilles dans la forêt en compagnie de Ben. Quand Tom l’apprend, alors qu’une tempête se lève, il réalise que c’est dans la forêt déchaînée que son rêve se passait. Dès lors, en compagnie de Huck, il va tout faire pour retrouver Ben et Becky, puis les mettre à l’abri dans le wigwam de Wanikiy, lequel, après l’orage, les aidera à trouver de magnifiques feuilles pour constituer un herbier qui épatera M. Dobbins.

En faisant le pitre, Tom casse un vase que Polly venait juste d’acheter. Il est obligé de travailler pour le rembourser, sauf que cela tombe mal : avec sa bande, il doit préparer le grand goûter annuel qu’organise Becky. Huck lui parle alors d’une légende : l’arbre d’abondance! Enterrer un certain soir sept objets précieux à son pied ferait gagner un trésor équivalent le lendemain. Tom voit là une solution rêvée pour rembourser sa dette. C’était sans compter sur cette peste d’Amy. Découvrant le projet, elle s’empare des objets confiés à Tom par la bande et enterrés par celui-ci au pied de l’arbre d’abondance. Commence alors un odieux chantage : elle ne lui rendra les objets que s’il l’aide à saborder la fête de Becky, dont elle est jalouse.

Sans le vouloir, Tom s’est rendu complice de Joe et l’a aidé à voler la caisse de Floyd. Possédant une preuve matérielle de la complicité de Tom, Joe en profite pour contraindre le garçon à devenir son « espion » et à lui révéler quels objets de valeurs possèdent les gens de Saint-Pétersbourg. Par peur d’être dénoncé et d’aller en prison, Tom cède au chantage de Joe et commence à épier les gens. Mais l’humeur changeante du garçon n’échappe pas à ses camarades, qui décident de lui venir en aide. Pour débarrasser définitivement Tom de l’emprise de Joe, la bande décide de subtiliser le butin afin de restituer l’argent volé du saloon dans la caisse. Ainsi plus de vol, plus de chantage!

Tom ment à M. Dobbins pour sortir de classe et aller aider Huck et Jenny. Toutefois, cela ne fonctionne pas comme prévu et c’est toute la classe qui part en forêt pour La journée de la nature, au même moment où une femelle alligator en furie met le coin sens dessus dessous pour retrouver ses œufs qui ont disparu. Très vite, M. Dobbins et les élèves se perdent dans la nature et Jenny doit les prévenir du danger, tandis que Tom et Huck vont récupérer les œufs afin de calmer l'alligator, avant que Muff ne les vende à Floyd, espérant ainsi régler son ardoise.

Afin de responsabiliser Tom, Polly le met au défi d’aller vivre chez Huck une semaine et de se débrouiller sans son aide. Tom est heureux de goûter à la liberté, et pour se rendre serviable, il part en quête de planches pour remplacer celles usées de la cabane de son ami. Sur les conseils de Jenny, il se rend tout près de chez la veuve Douglas, celle que l’on nomme « la sorcière », où traînent quelques planches abandonnées. Ravi de sa trouvaille, Tom déchante vite, car depuis qu’il a apporté ces planches dans la cabane de Huck, des choses étranges s’y passent. Et si la cabane était maudite?