Huck est en panique : Joe s’est installé dans sa cabane et refuse de partir! Tom invite son copain à dormir chez lui en attendant de trouver comment faire fuir Joe. Quand tante Polly découvre la présence de Huck, elle se fait une joie de prendre soin de lui : il sera donc lavé, portera des habits neufs et, pourquoi pas, elle lui apprendra les bonnes manières. Pour Huck c’est un cauchemar! Il faut récupérer sa cabane au plus vite. Tom et sa bande vont devoir contrecarrer les plans de Joe. En l’espionnant, ils découvrent que si le bandit occupe la cabane, c’est parce que, depuis ce point de vue, il peut surveiller l’arrivée prochaine d’un bateau dont il compte dévaliser la cargaison de bijoux…

Tom ment à M. Dobbins pour sortir de classe et aller aider Huck et Jenny. Toutefois, cela ne fonctionne pas comme prévu et c’est toute la classe qui part en forêt pour La journée de la nature, au même moment où une femelle alligator en furie met le coin sens dessus dessous pour retrouver ses œufs qui ont disparu. Très vite, M. Dobbins et les élèves se perdent dans la nature et Jenny doit les prévenir du danger, tandis que Tom et Huck vont récupérer les œufs afin de calmer l'alligator, avant que Muff ne les vende à Floyd, espérant ainsi régler son ardoise.

Pour récupérer leur maquette d’oiseau échouée dans le saloon, Tom et Huck éloignent Floyd en lui faisant croire que de l’or a été trouvé près du fleuve, mais très vite la rumeur fait son effet : tout le monde part à la recherche de l’or et Saint Petersburg se vide! Sans la surveillance des parents dans la ville, les enfants peuvent enfin faire tout ce qui leur plaît. On s’amuse comme des petits fous quand Joe et Muff rappliquent avec l’intention de tout voler dans Saint Petersburg… Tom et ses camarades abandonnent leurs jeux pour tenter d’empêcher Joe et Muff de tout piller.

Découvrant Huck transi de froid dans sa cabane, Tom lui propose de venir dormir dans la remise de l’école. Mais mal lui en a pris, car au même moment, la boussole de M. Dobbins a disparu, et ce dernier est persuadé que c’est ce vaurien de Huck qui l’a volée. Victime de sa mauvaise réputation, le garçon se retrouve aussitôt en prison, et Tom est prêt à tout pour prouver que son ami est bel et bien innocent. Même si ça doit passer par une évasion de prison!

Tom est coincé! Alors qu’il devait passer la journée avec Huck pour une palpitante pêche aux sangsues sur les berges de l'île, voici que tante Polly lui ordonne de rester à la maison pour garder son petit frère. Tom trouvera vite une solution pour concilier les deux : emmener Sid avec lui! Sauf que sur place, rien ne se passera comme prévu et Sid se retrouvera prisonnier dans le repaire de Joe! Tom et sa bande devront unir leurs forces pour s'en sortir.

Pour agrandir sa petite entreprise, Floyd, le gérant du saloon, tente de s’approprier le terrain où est bâtie la maison des parents de Jenny. Chassés de chez eux, ceux-ci projettent de quitter la ville. Tom et sa petite bande rassemblent toutes leurs astuces et leur énergie pour faire échouer le projet de Floyd et rendre sa maison à Jenny. Floyd ne recule devant rien? Eh bien, Tom non plus, surtout quand il s’agit d’amitié.

Comme chaque année, la traditionnelle Course des pionniers, une compétition à travers bois et collines, oppose les enfants du comté. Cependant, cette fois-ci, Alfred, aussi orgueilleux que maladroit en pleine nature, est bien décidé à la gagner. Il n’hésite pas à utiliser le chantage pour obliger Tom à l’aider. Et voilà Tom lancé sur le parcours comme ange gardien d’Alfred, un rôle déjà pas très marrant, mais qui devient un vrai crève-cœur quand il doit en plus empêcher son ami Huck de gagner…

Tom a passé un marché avec tante Polly : il rapporte un bon carnet scolaire en échange de quoi elle lui donnera l'argent nécessaire à l'achat d'un flamboyant moulinet pour la pêche. Ce moulinet, il rêve d'en faire la surprise à Huck. Malheureusement, M. Dobbins est d'une humeur massacrante et les élèves se font punir pour un rien. Misant sur le fait que c'est une fuite dans le toit de l'école qui rend l'enseignant si bougon, Tom parvient à faire engager Huck pour les réparations. Mais la toiture retapée n'y change rien, et l'enseignant persiste dans les injustices. C'en est trop pour Tom, qui décide de se révolter et encourage tous ses camarades à le suivre dans les bois : c'est la grève générale à l'école!

Tom aide Huck à soigner Ali Croquette, l’alligator qui a pris l’habitude de le suivre quand il pêche. Par mégarde, Sid vend la mèche à Tante Polly qui panique et alerte le shérif. Comme la rumeur enfle dans la ville, une battue est lancée pour éliminer le dangereux reptile. Tom et Huck se mobilisent alors pour sauver leur protégé et le ramener à la vie sauvage.

Alfred propose à Tom et à sa bande de s'associer avec lui pour retrouver l'épave d'un bateau disparu dans le fleuve, grâce aux informations recueillies par son arrière-grand-père, mais à la condition qu'il soit le capitaine de l'expédition. Les avis sont partagés: l'aventure et le trésor, oui, mais avec Alfred? Tout le monde tente de le doubler, mais Alfred se révèle un adversaire plus coriace que prévu, et la bande est obligée de composer avec lui.

Lorsqu’il achète, chez Mme Rogers, une petite boîte à bijoux en bois vernis, Tom est loin de se douter qu’il vient de déclencher une guerre infernale avec Joe. Pour Tom, il ne s’agit que d’un cadeau pour l’anniversaire de Becky, mais pour le bandit, cet objet est bien plus précieux. Un peu avant, Joe y avait gravé les codes du coffre-fort de l’épicerie et comptait bien s’en servir pour cambrioler la boutique. Maintenant que son plan est contrarié, c’est un Joe enragé qui part aux trousses de Tom, prêt à tout pour récupérer la boîte.

Afin de responsabiliser Tom, Polly le met au défi d’aller vivre chez Huck une semaine et de se débrouiller sans son aide. Tom est heureux de goûter à la liberté, et pour se rendre serviable, il part en quête de planches pour remplacer celles usées de la cabane de son ami. Sur les conseils de Jenny, il se rend tout près de chez la veuve Douglas, celle que l’on nomme « la sorcière », où traînent quelques planches abandonnées. Ravi de sa trouvaille, Tom déchante vite, car depuis qu’il a apporté ces planches dans la cabane de Huck, des choses étranges s’y passent. Et si la cabane était maudite?

En faisant le pitre, Tom casse un vase que Polly venait juste d’acheter. Il est obligé de travailler pour le rembourser, sauf que cela tombe mal : avec sa bande, il doit préparer le grand goûter annuel qu’organise Becky. Huck lui parle alors d’une légende : l’arbre d’abondance! Enterrer un certain soir sept objets précieux à son pied ferait gagner un trésor équivalent le lendemain. Tom voit là une solution rêvée pour rembourser sa dette. C’était sans compter sur cette peste d’Amy. Découvrant le projet, elle s’empare des objets confiés à Tom par la bande et enterrés par celui-ci au pied de l’arbre d’abondance. Commence alors un odieux chantage : elle ne lui rendra les objets que s’il l’aide à saborder la fête de Becky, dont elle est jalouse.

Tom et sa bande surprennent Floyd en train de fomenter un plan pour couler l'épicerie de Mrs Rogers, qui a réussi à obtenir la fermeture du saloon en soirée. Mais dans l’action, Ben brise un fer à cheval et acquiert la conviction qu’il est frappé par la malchance. Persuadé qu’il peut être dangereux pour les autres, il décide de s’exiler dans un arbre. Mais Tom a besoin de lui pour récupérer les marchandises de sa mère. C’est finalement grâce à lui qu’elles sont sauvées, et Floyd confondu. Ben admet alors que le fer à cheval n’y est pour rien dans ses malheurs et reprend fièrement confiance en lui.

Sans le vouloir, Tom s’est rendu complice de Joe et l’a aidé à voler la caisse de Floyd. Possédant une preuve matérielle de la complicité de Tom, Joe en profite pour contraindre le garçon à devenir son « espion » et à lui révéler quels objets de valeurs possèdent les gens de Saint-Pétersbourg. Par peur d’être dénoncé et d’aller en prison, Tom cède au chantage de Joe et commence à épier les gens. Mais l’humeur changeante du garçon n’échappe pas à ses camarades, qui décident de lui venir en aide. Pour débarrasser définitivement Tom de l’emprise de Joe, la bande décide de subtiliser le butin afin de restituer l’argent volé du saloon dans la caisse. Ainsi plus de vol, plus de chantage!

Près du fleuve, Tom tombe sur une planque d’objets volés par Joe. Il se dit qu’il sera récompensé s’il les rapporte au shérif, et ça tombe bien, car il pourrait aider Jenny, qui manque d’argent. Tom rapporte un collier en ville, mais voilà que c’est lui qui est soupçonné du vol! Les gens de la ville, excédés, réclament justice. Tom prend peur et s’enfuit dans les bois. Il s’apprête à quitter la région, mais grâce à l'aide de ses complices, il lui reste peut-être une chance de confondre Joe et de prouver son innocence.